ご家庭・個人向け製品（ESET Internet Security、ESET NOD32アンチウイルス ）は、
Windows Server2003、2000に対応していません。
しかし、法人向けのライセンス版でしたら、Windows2003、2000 Serverに対応しております。
ライセンス版の詳細は、下記をご参照ください

・ウイルス対策ソフト | ESET ライセンス版 法人・官公庁・教育機関 導入支援サイト

なお、ライセンス版では、クライアント用のプログラムに加え、ERA（ESET Remote Administrartor）という管理用のプログラムとして以下をご利用いただけます。

・ESET Remote Administrator Server (ERAS)
ESETがインストールされているクライアントPC の情報の収集をおこなうプログラム。

・ESET Remote Administrator Console (ERAC)
ERAS で収集した情報の閲覧。
また、ESETがインストールされているクライアントPC に対する操作をおこなうプログラム。